En 2008, Sébastien Boin fonde l’Ensemble C Barré dont il assure la direction artistique et musicale. En 2015, il crée l’orchestre OSAMU & Co avec Aix-​Marseille Université. En 2016, il dirige l’opéra Svadba d’Ana Sokolovic lors d’une tournée internationale. Il enseigne la direction de chœur au CFMI d’Aix-​en-​Provence et la direction d’orchestre au Conservatoire Pierre Barbizet de Marseille.